保持色譜柱長壽的關鍵是進樣前適當的樣品處理。你必須防止將疏水性/與流動相極性差別很大的化合物泵入色譜柱， 不管是來自流動相還是樣品。特別地，要禁止導入顆粒雜質。這些zui終都會造成操作壓力的增高而且非常困難或者不可能去除。
一定要使用保護柱，因為樣品和洗脫液污染可能會造成柱壓力的增高而且影響選擇性。對于分析色譜柱建議使用配套的保護柱。這個柱子的填充材料與用于分析的色譜柱的材料相似。當柱壓增高的或者觀察到柱效降低的時候就需要更換保護柱了。
貯存時應注意：
一定不要在柱子內充滿緩沖液或者其他含鹽類的洗脫液的情況下貯存色譜柱。 貯存溶劑應當含有至少20%的有機溶劑，以防止有細菌的生長。